Одним з напрямків роботи ЗУОТ в рамках Проекту „Ciconia Ukraina”, який здійснюється з 2005 р. за фінансової підтримки Фонду „Ciconia” (Ліхтенштейн), є моніторинг і практична охорона чорного лелеки в Україні.

Для того, щоб розробити необхідні заходи зі збереження виду необхідні дослідження його поширення та особливостей гніздування. Отже на перших етапах програми основна увага приділяється вивченню саме цих особливостей чорного лелеки.

Серед птахів фауни України чорний лелека (Ciconia nigra L.) і по сьогодні залишається одним із найменш вивчених і загадкових видів, через потайний спосіб життя. Довгий час і межі поширення, і чисельність цього виду в Україні окреслювалися дуже приблизно. Відомо було лише, що він гніздиться на Поліссі та у Карпатах.

Оскільки цей птах мало знаний в нашому суспільстві, значна увага під час реалізації програми зверталася на освітні заходи, особливо серед працівників лісового господарства, які найчастіше стикаються з чорним лелекою і від яких значною мірою залежить його виживання.

Програма охорони чорного лелеки в Україні розрахована 5 років і розділена на етапи:

1-й – пошук гнізд і гніздових територій чорного лелеки в Українських Карпатах (2005 р.);

2-й – пошук гнізд і гніздових територій чорного лелеки в Західному Поліссі (2006-2007 р.);

3-й – пошук гнізд і гніздових територій чорного лелеки в Східному Поліссі (2008-2009 р.;

4-й – створення Програми охорони чорного лелеки в Україні і підготовка монографії по чорному лелеці в Україні.